Dentre os diversos artigos da CLT, alterados pela Lei da Liberdade Econômica, cumpre destacar a inclusão do § 4º no art. 74 da CLT, in verbis:
§ 4º Fica permitida a utilização de registro de ponto por exceção à jornada regular de trabalho, mediante acordo individual escrito, convenção coletiva ou acordo coletivo de trabalho. (Incluído pela Lei 13.874/2019)
Com base neste parágrafo, as empresas poderão adotar a marcação do ponto por exceção, ou seja, sendo a jornada cumprida integralmente pelo empregado, este fica desobrigado de fazer qualquer registro do ponto.
Mas cuidado, o termo exceção da norma não significa dizer que o empregado deve registrar apenas o excesso da jornada (o que ultrapassar a jornada normal).
Exceção e Excesso
Não confunda o termo exceção como sendo a necessidade de registrar somente as horas que excederem a jornada normal de trabalho.
Isto porque o termo excesso significa o resultado do ato de exceder, que ultrapassa o legal, o habitual. Assim, se o empregado trabalha além de sua jornada normal, então ele trabalhou em excesso e, portanto, fez horas extras.
Já o termo exceção é o ato de excetuar, de excluir e, no contexto da norma, significa um desvio do padrão convencional, um desvio do que estabelece a regra.
Assim, se o empregado cumpre sua jornada de trabalho normalmente (entrada, intervalo intrajornada e saída), não há necessidade do registro de ponto, pois não há exceção.
Basicamente, para fins de registro de ponto, enquanto o excesso é qualquer hora trabalhada além da jornada normal, o registro por exceção engloba tanto a jornada trabalhada a maior (horas extras), quanto a jornada trabalhada a menor (faltas/atrasos), pois em ambas as situações, houve um desvio do padrão convencional (jornada normal).
Registro do Ponto por Exceção – O que deve ser registrado
Portanto, se a exceção é qualquer desvio do padrão convencional, qualquer horário cumprido pelo empregado que esteja fora da jornada normal, deve ser registrado.
Neste sentido, tanto as horas extras (excesso no cumprimento da jornada) quanto as faltas ou atrasos (falta do cumprimento da jornada), devem ser registrados no sistema de ponto por exceção.
Abaixo, exemplos de como é a prática do registro de ponto por Exceção:
Jornada normal de trabalho: 08:00h às 12:00h e das 13:00h às 17:48h
- Segunda: 08:00h às 12:00h e das 13:00h às 19:00h → empregado PRECISA registrar o ponto (horas extras);
- Terça: 08:00h às 12:00h e das 13:00h às 17:48h → empregado NÃO PRECISA registrar o ponto (jornada normal);
- Quarta: 09:20h às 12:00h e das 13:00h às 17:48h → empregado PRECISA registrar o ponto (atraso);
Saiba mais sobre o tema nos tópicos abaixo do Guia Trabalhista Online:
Guia Trabalhista 
No meu entendimento só funciona quando se tem alguém para verificar se o empregado cumpre corretamente o horário estabelecido. Se ele chegar atrasado, ou demorar mais do que uma hora em almoço, ou sair mais cedo e não marcar o ponto de exceção, o empregador ficará no prejuizo dessas horas negativas, não é ? Não gostei, não vou adotar.
Exato Romana, a marcação por exceção exige um maior controle visual por parte do empregador (encarregado ou chefe do setor), de modo a confirmar que o empregado esteja realmente registrando não só as horas extras, mas também as faltas/atrasos.
Isso é válido para domésticos?
Não se aplica aos domésticos, pois de acordo com o art. 2º da LC 150/2015 (lei específica), é obrigatório o registro do horário de trabalho do empregado doméstico por qualquer meio.